ネットの図鑑は紙のものより写真が綺麗で大きく見やすかったり、最新の情報が得られることもあります。誤同定も時々あるけど、紙の図鑑とネットの両方をうまく活用することで同定精度を上げられます。
この３つが虫の和名で検索するとよく引っかかります。私も同定の再確認で活用してます。
水生昆虫写真鑑 形態の部位ごとに拡大写真もあって同定に便利。
河川生物の絵解き検索（神奈川県） 底生動物の科までの絵解き検索。分かりやすいです。
住まいの害虫【家屋害虫図鑑】 すまいの木の害虫【木材害虫図鑑】 今村化学工業白蟻研究所
無脊椎動物の形態の用語がわからないときに役立ちそう。
オンライン日本産生物種名リストのリスト（お試し版） 作成者：神保宇嗣
昆虫データベース統合インベントリーシステム 農業環境変動研究センター
I. 分類群情報データベース
昆虫・クモ類およびその宿主や餌資源となる動植物の分類情報（門、目、科、族、属、種名など）、各分類群に関する情報（形態、分布、生態など）から成るデータベースです。
II. 昆虫標本情報データベース
農業環境技術研究所に保管されている昆虫標本情報のデータベースです。クモ類な ど、他の動物群の標本情報が一部含まれます。
日本産甲虫の幼虫解明度∼幼虫を研究しよう∼（PDF) 吉富博之さん
林成多のページへようこそ 水生甲虫と海岸性甲虫を詳しく解説。ネクイハムシ、ヒラタドロムシ、ガムシ、ナガハナノミ、ヒメドロムシ図鑑があります。
関東を中心とした地表徘徊性甲虫 オサムシ科とシデムシ科
WEB図鑑「里山のゴミムシ」 琵琶湖博物館
大和川水系のミズギワゴミムシ類 大阪府大和川水系に生息するミズギワゴミムシ類の見分け方。
CLAVICORNIA くらびこるにあ 日本と世界のケシキスイ類
List of Checkered Beetles カッコウムシ
The Ciidae of Japan ツツキノコムシ科
みんなで作る日本産蛾類図鑑 掲示板を通して様々な方から最新の情報がよせられている。
Digital Moths of Japan 交尾器の写真がある。外見での識別が難しくて図鑑に交尾器の写真がない場合に役立つ。
日本産フユシャク類WEB図鑑 冬期に出現する♀の翅が退化してるシャクガ科の蛾。
Moth Dissection UK イギリスの蛾。蛾の交尾器のプレパラート写真がいっぱい。広域分布種の確認に使える。
Eurasian Tortricidae 2.0 ハマキガ科2.0。種名で検索すると形態の特徴、分布などの記載と交尾器や外見の写真が見られる。
淡水ベントス研究所 日本産カワゲラ目録と、清水高男さんの論文のPDFがダウンロード出来る。
ショウジョウバエに学ぶ生物多様性と環境｜分類してみよう！ 翅脈の写真から同定できるシステムは斬新。
日本ショウジョウバエデータベース 体の各部位の解説があり、分かりやすく図示されてる。
クモ 西表島 谷川明男さん
西表のクモじゃなくてクモと西表のHP。日本産クモ類目録があります。またＣＤ日本のクモは数年ごとに改定され、最新版では交尾器の写真も追加されました。
ハエトリひろば 須黒達巳さん
日本産のハエトリ全種の掲載を目指しているそうです。
クモ類生息地点情報データベース 日本蜘蛛学会
馬場友希さんのホームページ アシナガグモ幼体の見分け方があります。
サラグモ屋敷 サラグモの交尾期の写真もある。
クモ図鑑 三重クモ談話会
日本でよく見られるナメクジ４種とマダラコウラナメクジの見分け方（簡易版）
KANI-chan カニちゃん 日本国内（主に琉球列島）で見られる十脚甲殻類の一部を紹介
Phytoseiid Mites - Portal カブリダニの種の識別を学ぶことができます。
Isopoda ワラジムシ類のHP
土壌線虫画像データベース；属レベル簡易同定のための形質一覧表
Maniac Invertebrates Animals World 海産無脊椎動物
日本産後鰓類データベース ウミウシ
水産無脊椎動物 公益財団法人水産無脊椎動物研究所
Myriapodology ムカデ、ヤスデなど多足類
OSTRACOD RESEARCH 貝虫類(カイミジンコ、ウミホタル)
白浜の海岸生物観察ガイド―動物・海藻・陸上植物― 瀬戸臨海実験所
東京湾のヨコエビガイドブック（PDF)